Seit 1. Mai 2008 wurde die Organisationsstruktur geändert und in Departments gegliedert. Die Universitätsklinik für Visceral-, Transplantations- und Thoraxchirurgie, der die bereichsübergreifende Einrichtung für Physikalische Medizin angeschlossen ist, gehört dem Department Operative Medizin an und steht unter der Leitung von Prof. Dr. Raimund Margreiter.
Von 2002 - 2008 leitet Prof. Dr. Raimund Margreiter die Klinische Abteilung für Allgemein- und Transplantationschirurgie die im Herbst 2002 durch die Zusammenlegung der Klinischen Abteilungen für Allgemeinchirurgie und Transplantationschirurgie entstanden ist. Sie bildete mit den Abteilungen für Gefäßchirurgie und Herzchirurgie die Universitätsklinik für Chirurgie.

Die Universitätsklinik für Visceral-, Transplantations- und Thoraxchirurgie verfügt über 4 Stationen für Allgemeinchirurgie (8 Nord, 8 Süd, 9 Nord, 9 Süd), eine Station für Transplantationschirurgie (3 Süd) und eine Station für Kinderchirurgie (3 Nord).  Die Universitätsklinik verfügt somit über insgesamt 144 Betten der Normalpflege, 7 Betten der Intensivpflege, 4 Intermediate-Care-Betten sowie einer Ambulanz, einer Endoskopieeinheit, einem Forschungslabor und einen Bereich Theoretische Chierurgie. Zudem stehen der Abteilung sechs modernst eingerichtete Operationssäle zu Verfügung. Das Einzugsgebiet der Universitätsklinik erstreckt sich mit organspezifischen Unterschieden teilweise auf ganz Österreich und darüber hinaus, da spezielle Operationen der Allgemein- und Transplantationschirurgie ausschließlich in Innsbruck angeboten werden können.

Der Direktor hat die Transplantationschirurgie in Innsbruck begonnen und aufgebaut. Nach der ersten Nierentransplantation im Jahre 1974 gelang drei Jahre später die erste Lebertransplantation im Hause und 1979 die erste kombinierte Nieren-Pankreas-Transplantation Österreichs. Im Jahre 1983 führten Univ.-Prof. Dr. Margreiter und Univ.-Prof. Dr. Franz Gschnitzer die erste Herztransplantation Österreichs sowie mit anderen Mitgliedern seines eingespielten Ärzteteams die weltweit erste kombinierte Leber-Nieren-Transplantation durch.
Es folgten zahlreiche weitere spektakuläre Übertragungen wie zum Beispiel1985 die österreichweit erste Herz-Lungenverpflanzung, 1987 die erste Doppellungentransplantation und 1989 die weltweit erste erfolgreiche Multiviszeraltransplantation, die zum Aufstieg der Einrichtung zu einer Abteilung mit Weltruf beitrugen. Ein Jahr später gelang dann die erste isolierte Darmtransplantation gefolgt von der ersten Inselzelltransplantation. Zuletzt sorgte die Doppelhandtransplantation bei Theo Kelz, der ebenfalls an der Abteilung nachbetreut wurde, für internationales Aufsehen.

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